Poudlard

# Singularity

## Description

Un conteneur Linux est une technologie de virtualisation qui partage le noyau Linux avec la machine hôte tout en offrant un espace isolé pour exécuter des logiciels.

[Singularity](https://docs.sylabs.io/guides/latest/user-guide/) est une solution de conteneur conçue pour le HPC qui permet la portabilité entre environnements Linux, la reproductibilité des résultats et la mobilité entre clusters.

Les utilisateurs font alors tourner un autre système d'exploitation dont ils peuvent contrôler la pile logiciels sans avoir besoin des privilèges root sur la machine hôte.

Singularity est installé sur Poudlard (<code>module load singularity-ce/latest</code>), ce qui permet de lancer à l'intérieur d'un job, un conteneur à l'environnement logiciel contrôlé.

## Exemple d'utilisation

### Openfoam

Par exemple, si vous avez besoin d'utiliser la dernière version, vous pouvez utiliser une image disponible dans [Docker Hub](https://hub.docker.com/r/opencfd/openfoam-default) comme je vais le détailler ici. Si vous avez besoin d'avoir une installation spécifique, il faudra passer par un fichier de définition et construire votre propre image.

* Récupération de l'image sur le cluster:

```

$ module load singularity/latest

$ singularity pull docker://opencfd/openfoam-default:2506

```

* Inspection de l'image pour voir comment elle a été généré:

```

$ singularity inspect --deffile openfoam-default_2506.sif

```

* Obtention d'un shell dans le conteneur:

```

$ singularity shell openfoam-default_2506.sif

ou

$ ./openfoam-default_2506.sif

```

* Tester l'exécution d'un exemple

** script test_pitzDaily.bash

```bash

#!/usr/bin/env bash

source /usr/lib/openfoam/openfoam2506/etc/bashrc

rm -rf pitzDaily

cp -r $FOAM_TUTORIALS/incompressible/simpleFoam/pitzDaily/ /scratch/$USER/

cd pitzDaily

#Create mesh

blockMesh

#Run openfoam via the solver simpleFoam

simpleFoam

```

** Exécution du script dans le conteneur

```

$ singularity exec openfoam-default_2506.sif bash test_pitzDaily.bash

```