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Minerva Mac Gonagall, 29/10/2025 14:56

1 1 Argus Rusard 
# Singularity
2 





    3
    2
    Minerva Mac Gonagall
    
## Description





    4
    
    
    





    5
    
    
    
Un conteneur Linux est une technologie de virtualisation qui partage le noyau Linux avec la machine hôte tout en offrant un espace isolé pour exécuter des logiciels.





    6
    
    
    





    7
    
    
    
[Singularity](https://docs.sylabs.io/guides/latest/user-guide/) est une solution de conteneur conçue pour le HPC qui permet la portabilité entre environnements Linux, la reproductibilité des résultats et la mobilité entre clusters.





    8
    
    
    





    9
    
    
    
Les utilisateurs font alors tourner un autre système d'exploitation dont ils peuvent contrôler la pile logiciels sans avoir besoin des privilèges root sur la machine hôte.





    10
    
    
    





    11
    
    
    
Singularity est installé sur Poudlard (<code>module load singularity-ce/latest</code>), ce qui permet de lancer à l'intérieur d'un job, un conteneur à l'environnement logiciel contrôlé.





    12
    
    
    





    13
    
    
    
## Exemple d'utilisation





    14
    
    
    





    15
    
    
    
### Openfoam





    16
    
    
    





    17
    
    
    
Par exemple, si vous avez besoin d'utiliser la dernière version, vous pouvez utiliser une image disponible dans [Docker Hub](https://hub.docker.com/r/opencfd/openfoam-default) comme je vais le détailler ici. Si vous avez besoin d'avoir une installation spécifique, il faudra passer par un fichier de définition et construire votre propre image.





    18
    
    
    





    19
    
    
    
* Récupération de l'image sur le cluster:





    20
    
    
    
```





    21
    
    
    
$ module load singularity/latest





    22
    
    
    
$ singularity pull docker://opencfd/openfoam-default:2506





    23
    
    
    
```





    24
    
    
    





    25
    
    
    
* Inspection de l'image pour voir comment elle a été généré:





    26
    
    
    
```





    27
    
    
    
$ singularity inspect --deffile openfoam-default_2506.sif





    28
    
    
    
```





    29
    
    
    





    30
    
    
    
* Obtention d'un shell dans le conteneur:





    31
    
    
    
```





    32
    
    
    
$ singularity shell openfoam-default_2506.sif





    33
    
    
    
ou





    34
    
    
    
$ ./openfoam-default_2506.sif





    35
    
    
    
```





    36
    
    
    





    37
    
    
    
* Tester l'exécution d'un exemple





    38
    4
    Minerva Mac Gonagall
    
** Script **test_pitzDaily.bash**





    39
    3
    Minerva Mac Gonagall
    
```bash





    40
    
    
    
#!/usr/bin/env bash





    41
    
    
    
source /usr/lib/openfoam/openfoam2506/etc/bashrc





    42
    
    
    
rm -rf pitzDaily





    43
    
    
    
cp -r $FOAM_TUTORIALS/incompressible/simpleFoam/pitzDaily/ /scratch/$USER/





    44
    
    
    
cd pitzDaily





    45
    
    
    
#Create mesh





    46
    
    
    
blockMesh





    47
    
    
    
#Run openfoam via the solver simpleFoam





    48
    
    
    
simpleFoam





    49
    
    
    
```





    50
    
    
    
** Exécution du script dans le conteneur





    51
    2
    Minerva Mac Gonagall
    
```





    52
    1
    Argus Rusard
    
$ singularity exec openfoam-default_2506.sif bash test_pitzDaily.bash





    53
    4
    Minerva Mac Gonagall
    
```





    54
    
    
    





    55
    
    
    
* Script de soumission





    56
    
    
    
```bash





    57
    
    
    
#!/bin/bash





    58
    
    
    
#





    59
    
    
    
#SBATCH -J openfoam_test_pitzdaily





    60
    
    
    
#SBATCH -o %x-%j.out





    61
    
    
    
#SBATCH -N 1





    62
    
    
    
#SBATCH --tasks-per-node=4





    63
    
    
    
#SBATCH -t 30:00





    64
    
    
    
echo "#############################"





    65
    
    
    
echo "User:" $USER





    66
    
    
    
echo "Date:" `date`





    67
    
    
    
echo "Host:" `hostname`





    68
    
    
    
echo "Directory:" `pwd`





    69
    
    
    
echo "SLURM_JOB_NAME:" $SLURM_JOB_NAME





    70
    
    
    
echo "SLURM_JOB_ID:" $SLURM_JOB_ID





    71
    
    
    
echo "SLURM_NODELIST: " $SLURM_NODELIST





    72
    
    
    
echo "#############################"





    73
    
    
    
echo





    74
    
    
    
cd /scratch/$USER





    75
    
    
    
module load singularity-ce/latest





    76
    
    
    
IMG=openfoam-default_2506.sif





    77
    
    
    
cp $IMG $TMPDIR





    78
    
    
    
echo





    79
    
    
    
singularity exec $TMPDIR/$IMG bash test_pitzDaily.bash





    80
    
    
    
echo





    81
    
    
    
echo "Job finished" 





    82
    2
    Minerva Mac Gonagall
    
```





    83
    5
    Minerva Mac Gonagall
    





    84
    
    
    
* Pour une exécution en parallèle, vous pouvez modifier le script comme ceci:





    85
    
    
    
```bash





    86
    
    
    
#!/bin/bash





    87
    
    
    
#





    88
    
    
    
#SBATCH -J openfoam_test_pitzdaily





    89
    
    
    
#SBATCH -o %x-%j.out





    90
    
    
    
#SBATCH -N 1





    91
    
    
    
#SBATCH --tasks-per-node=4





    92
    
    
    
#SBATCH -t 30:00





    93
    
    
    
echo "#############################"





    94
    
    
    
echo "User:" $USER





    95
    
    
    
echo "Date:" `date`





    96
    
    
    
echo "Host:" `hostname`





    97
    
    
    
echo "Directory:" `pwd`





    98
    
    
    
echo "SLURM_JOB_NAME:" $SLURM_JOB_NAME





    99
    
    
    
echo "SLURM_JOB_ID:" $SLURM_JOB_ID





    100
    
    
    
echo "SLURM_NODELIST: " $SLURM_NODELIST





    101
    
    
    
echo "#############################"





    102
    
    
    
echo





    103
    
    
    
cd /scratch/$USER





    104
    
    
    
module load singularity-ce/latest openmpi/4.1.4/gcc/8.5.0





    105
    
    
    
IMG=openfoam-default_2506.sif





    106
    
    
    
cp $IMG $TMPDIR





    107
    
    
    
echo





    108
    
    
    
mpirun -np $SLURM_NTASKS singularity exec $TMPDIR/$IMG bash test_pitzDaily.bash





    109
    
    
    
echo





    110
    
    
    
echo "Job finished" 





    111
    
    
    
```